Wiele genetycznych loci dla gęstości mineralnej kości i złamań cd

Standardowa statystyka współczynnika wiarygodności została użyta do obliczenia dwustronnych wartości P (patrz sekcja Metody w Dodatkowym dodatku 1). Wyniki z wielu grup pacjentów ze złamaniem osteoporotycznym o niskim wpływie i kontrole zostały połączone z zastosowaniem modelu Mantela-Haenszela. Wartości P mniejsze niż 0,05 uważano za wskazujące na istotność statystyczną. Wyniki
Analiza asocjacji genomewidu
Rysunek 1. Rysunek 1. Kwantylowo-kwantylowe wykresy statystyk testowych (wartości P) dla powiązań polimorfizmów pojedynczego nukleotydu z mineralną gęstością kości. Panel A pokazuje dane dotyczące gęstości mineralnej kości biodrowej; Panel B pokazuje dane dotyczące gęstości mineralnej kości kręgosłupa. Wartości P korygowano za pomocą metody kontroli genomowej (współczynnik korekty statystyki chi-kwadrat, . = 1,18 dla gęstości mineralnej kości biodrowej i . = 1,22 dla gęstości mineralnej kości kręgosłupa). Pod hipotezą zerową braku powiązania w dowolnym miejscu, punkty danych powinny podążać za czarną linią.
Zaobserwowaliśmy znaczny nadmiar SNP związanych z gęstością mineralną kości, zwłaszcza z gęstością mineralną kości kręgosłupa, nawet po dostosowaniu do pokrewieństwa osobników i możliwej stratyfikacji za pomocą kontroli genomu (współczynnik korekty statystyk chi-kwadrat, . = 1,18 dla biodra i . = 1,22 dla kręgosłupa) (ryc. 1). Łącznie 77 SNP (które wychwytują co najmniej 48 niezależnych sygnałów asocjacyjnych) było istotnie związanych z gęstością mineralną kości kręgosłupa, z dopasowanymi wartościami P mniejszymi niż 0,0001 (skorygowane statystyki chi-kwadrat> 15.14); tylko 30.1 SNP miały spełnić to kryterium wyłącznie na podstawie przypadku. Wyniki te wskazują, że znaczna część najsilniej związanych SNP może mieć prawdziwy związek z gęstością mineralną kości. 50 SNP najsilniej związanych z każdym fenotypem, uszeregowanych według wartości P, zestawiono w Tabeli 2 w Dodatku Dodatkowym 1; rankingi wszystkich badanych SNP są podane w Dodatku Uzupełniającym 2 i Uzupełniającym Dodatku 3.
Trzy SNP – rs9594759 (zlokalizowane na 13q14) i rs2504063 i rs851982 (na 6q25) – osiągnęły znaczenie dla genomu (P <1,7 × 10-7) dla gęstości mineralnej kości kręgosłupa, podczas gdy brak SNP osiągnął znaczenie dla genomu dla gęstości mineralnej kości biodrowej (Tabela 2) w Dodatku Uzupełniającym 1). Następnie genotypowaliśmy te SNP w trzech zestawach replikacyjnych, oprócz SNP o wartości P mniejszej niż 3,0 x 10-5 dla miejsca szkieletu i kilku SNP ze słabszymi skojarzeniami, które skupiały się wokół interesujących potencjalnych genów. W sumie genotypowaliśmy 74 SNP reprezentujące 32 loci chromosomalne (Tabela 3 w Dodatku 1).
Tabela 1. Tabela 1. Szacunkowy wpływ gęstości mineralnej kości kręgosłupa na polimorfizmy pojedynczego nukleotydu (SNP) w pięciu regionach o znaczeniu dla grupy genów dla kręgosłupa lub biodra. Tabela 2. Tabela 2. Szacowany wpływ gęstości mineralnej kości Hip polimorfizmów pojedynczego nukleotydu (SNP) w pięciu regionach o znaczeniu dla całego genomu dla kręgosłupa lub biodra. Dwanaście SNP było nominalnie istotnych (P <0,05) w zestawach duńskim i australijskim łącznie i miało znaczenie dla genomu (P <1,7 × 10-7) dla co najmniej jednego fenotypu, gdy wszystkie zestawy (w tym islandzki zestaw wykrywania) zostały połączone [więcej w: nerw bloczkowy, przeglądarka skierowań na leczenie sanatoryjne, sanatorium druskienniki ]